a. Bộ máy quản lý khoa: Ban chủ nhiệm khoa gồm có một trưởng khoa và 2 phó trưởng khoa có nhiệm vụ giúp việc cho trưởng khoa.

b. Các Bộ môn: Hiện nay khoa có 4 bộ môn gồm:

- Tổ bộ môn Tài nguyên nước mặt

- Tổ bộ môn Tài nguyên nước dưới đất

- Tổ bộ môn Quản lý chất lượng và Bảo vệ môi trường nước

- Tổ bộ môn Quản lý tổng hợp Tài nguyên nước

c. Phòng thí nghiệm thực hành Tài nguyên nước

Để đảm bảo đáp ứng nhu cầu và nâng cao chất lượng giảng dạy học tập cũng như nghiên cứu khoa học của giảng viên và sinh viên Khoa Tài nguyên nước, được sự đầu tư, giúp đỡ của Bộ Tài nguyên và Môi trường, Đảng ủy, BGH Trường, Khoa Tài nguyên nước đã và đang không ngừng đầu tư, xây mới hệ thống phòng thí nghiệm và thực hành với các trang thiết bị hiện đại.

d. Phòng Viễn thám, GIS và dự báo Tài nguyên nước: 30 máy tính cấu hình cao, 1 server LINUX và các phần mềm chuyên môn như SOBEK, MIKE, MODFLOW, MUSIC, Q-GIS, ArcGIS...

e. Hệ thống vùng thực hành Tài nguyên nước: Vùng thực hành Tài nguyên nước mặt tại lưu vực sông Nhuệ Đáy, tài nguyên nước dưới đất tại Đan Phượng với các trang thiết bị đo đạc, quan trắc và phân tích mẫu nước hiện đại ,